در این دفتر از تأملات، برخی مباحث مهم در حوزه‌های معرفت‌شناسی و روش‌شناسی از مسائل فلسفۀ فلسفۀ اسلامی، در قالب هفت جستار بررسی شده‌اند که عبارتند از: معیار بداهت تصوری مفاهیم بدیهی، مؤلفه‌های معرفت یقینی، نوع برهان مورد استفاده در فلسفه، انواع کنش‌های عقل نظری، شهود عقلی، روش اشراقی و بهره‌گیری از دین و عرفان نظری در حکمت متعالیه.